マグナⅡ武器の交換優先度

優先度高
・グリム琴（必要数3つ。3凸でも有用。対ゴブロ戦で使える）
・ゴブロ斧（3つ。3凸でも有用。4凸1＋無凸2から入れ替え可）
・ゴブロ刀（2つ。3凸だとユグ剣と同性能。4凸で守護＋カウンター）

優先度中
・エウロペ琴（3つ。3凸だと攻刃中のみで微妙。4凸すれば強い）
・アバター杖（2つ。3凸だと神威中のみで微妙。4凸すれば強い）

優先度低
・シヴァ剣（1つ。アニマ集め中にドロップの可能性があり低め）
・メタ弓（2つ。上記の武器より優先するほどではないかな？）
・メタ短剣（5つ。労力に見合わない）

武器4凸には、マグナⅡのマグナアニマが10個ずつ必要なので注意。
さらにゲームを進めていると、他の用途（終末の神器やアーカルム石など）でもマグナⅡのマグナアニマが数十個くらい必要になるので、結局は周回が必要になるんですよね。
その関係でゴブロ斧とグリム琴の武器は最大5本まで入り、編成で腐りづらいのでオススメです。

集めてると偏りが出てくるからその穴を埋める感じで使うといいかな
俺の場合ブロ刀だった

グリム琴とゴブロ斧が優先度高いです。どちらも交換直後の3凸の段階でも目に見えて火力が上がるはずです。
エウロペ琴、アバター杖は第二スキルが強力ですが4凸しなければ解放されないので交換してすぐに役に立つものではありません。（アバター杖はHPも上がるのでHP盛りたいならアリですが）
あとはHPを盛れるシヴァ剣、４凸必須だがユグ剣＆ユグ杖の上位互換のゴブロ刀あたりもなかなかですが上記よりは優先度が下がります。

風か土

ゴブロ斧 グリム琴が最優先になるかと。

質問主さんの、マグナ2武器所持、優先強化属性より総合的に判断すれば良いですね。

メタ弓とかほざいてるアホが居るが無視でいいぞ
風か土にしとけ

全部欲しいんですよ。
でも一本だけじゃなく、複数欲しいんですよ。
最終的な形までの道中の1本だけとはいえ、何属性を強化したいかです。
そして決めるのはアナタです。

因みに3凸状態ではゴミですので、速やかに4凸出来る物が良いと思います。

まあぶっちゃけ4凸にアニマ必要なんでなんでもいいんですけど
火古戦場の後は闇と光古戦場控えてるので古戦場に備えたいならアバ杖かメタ弓
火水土風の4属性バランスよく育てたいなら火以外の4属性の中で1番育ってる属性の当たり武器
旧マグナでは風が取っ掛り安いと思うのでグリム琴とかですかね