武器の限凸タイミング

昔の話になってしまいますので今に沿った意見として書かせていただきます。

各属性全てですが、最初はSR方陣攻刃武器が多めな編成だと思います。そこからマグナ石の3凸目指しつつ無凸でSSR並べながらもSSRのスキルレベルを上げ始め平均的に上げていくのが好ましいと思います。（ただし、slv後半はSSRの餌保有量次第で必要SR武器が少なく済ませられますのでSSRslv2を利用したスキル上げをするのでしたら突出したスキル上げも有用だと思います）
SR餌の入手APが以前と比べれば格段に容易になったと思われます
（島N/HのAP緩和など）。SSR餌は上手に使うように心がけて欲しいと思います。

そして無凸が3本程度になった時点から1本ずつ3凸を目指し、3凸が1本できたら次の無凸を3凸にするか更に4本目を並べるか選択をしていくことになると思います。
並べたSSRのスキル伸ばしがまだまだ可能でしたら凸、並べたSSRのスキルが伸ばしきってしまう状態なら無凸を並べるのが良いと思います。

なぜ無凸3本なのか
→イベントなどを介してunk攻刃武器や通常攻刃武器の3凸入手が比較的容易に作れることが1点です。今開催されてるフェンリルやケルベロスのように非常に集めるのが大変な武器もありますが、四象イベントや通常のシナリオイベントを介して3凸を準備すれば初期に不足しがちな基礎攻撃力が賄えます。また、武器によってはジョブを選ぶうえでメイン武器としてしばらく候補として上がるものもあると思いますのでそういった武器は特にclassⅣ習得までは保管しておく方が良いと思います。
ゆくゆくは装備から外れるためslvは上げても程々に。
四象の旧武器（朱雀光剣など）とフローレンベルクは最初期であれば装備した方が強くなることがあります。先に装備から外れるのは攻刃を持っていないフローレンベルクですが、団イベなどではフローレンベルクの使用が好まれますので必ず保護をしておいてください。
フローレンベルクの話は最初期だけなので既に論外だと思いますが一応記載させていただきました。

コロ杖も無凸で並べていいのか
→私は無凸で並べても良いと思います。実際にはSRコロ斧3凸slv5と入替を考えた時1本単位での互換性はコロ杖1凸slv2でもまだ下位互換です。
以前いた団の方は指導されてコロ杖1凸だったそうですがslv10で他の方陣武器もSRslv10や9だったようです。勿体なく思いながらもコロ杖が落ちず仕方なかったと言っておりました。slvの伸び方次第という点は否めませんが、SSRを並べる方が無駄が少なくなると思います。SR3凸に及ばない基礎攻撃力はslvを上げることで補うべきだと思います。

3凸を増やすようにする利点
→Rank101を超えるとマグナHLが自発できるようになります。
1度自発するとSSR3凸マグナ武器が4凸まで伸ばせるようになります。
slv11以降に伸ばすためにはSSR餌が必要不可欠と言っても過言ではありません。10以下の特にslv低いうちはSR餌で賄えますがSSR餌を上手に使うためには4凸を目指してみると良いと思います。ただし優先順位はslv10以下です。スキル効果の伸びが良いです。ですが、SSR1本あれば少な目なSR餌でスキルを伸ばせます。その点から3凸を作り4凸を目指すことをお勧めします。

長くなり読みずらいと思います。申し訳ありません。

基本は各マグナ属性に必要な本数を並べてから、１本ずつ順番に３凸まで上げていくスタイルでしょうか？

平均的に上げてしまうと、古戦場用にフローレンベルクと交換した際などステータスが下がります。１本ずつ上げていけば一番育成が遅れているものと交換すれば良いことになります。

火力の上昇が分かりづらい、とのことですが序盤では凸状態よりもSLの方が重要です。SL10にして3凸マグナ石を装備すれば無凸でもそれなりに火力が出ると思います。逆にSLが低いとマグナ石の恩恵がほぼなくなるため、属性石の方が強くなってしまいます。

質問者様の要望に沿う答えになったか分かりませんが、参考になればと思います。

基本は必要本数並べてスキルレベルを上げる。並べ終わったら凸するが基本です。ですが、四象武器とかイベント武器とかで最終編成から外れるものの一時的に育成中のマグナ武器を超える武器が入る場合はそれをいれたり、古戦場のように一時的に間に合わせたければ必要に応じて凸を優先したりします。

自分の時は一時的に最終編成となるゴールを決めてその武器を並べて、並べてる途中で新武器きたら入れ替えるってやってくと敷き詰めに関しては最初に少し検討すればあと集めるだけになります。

火力についてはいきなり上がりませんが、凸なりスキルレベルを上げれば徐々にあがって気づいたら火力上がってたって感じになると思われます。突然桁増えたみたいな跳ね上がり方はしなかった気がします。

三凸までは一凸あたりの攻撃力の伸びは同じなので
一凸並べなどはやる意味が無いです
凸よりもスキルレベルを上げる方が楽に火力が大きく伸びます

必要個数並べる
→凸する
の流れでやってます。
（火属性だけは例外ですが）

限界突破も大事ですが各武器のスキルレベルを上げる事も重要です。
並べていくスタイルでは最終的な形が出来ている訳ですからスキルを気兼ねなく上げられるという利点があります。
一つずつやっていくとなるとSRが長く残ってしまい、それのスキラゲするのも気が引ける→火力に繋がりにくい、という循環になります。