どれを上限解放すれば？

主さんの挙げた候補のなかなら個人的優先度は

バハムート≒ルシフェル＞＞＞＞フレイ＞＞＞シヴァ

ぐらいです。それぞれの所感も書いときます

バハムート→召喚石屈指のステータスの高さ、召喚効果の腐らなさどちらも今なお1級品です。召喚石の上限解放で悩んだらまずはバハルシと言っても過言ではないかと思います。

ルシフェル→ステータスの高さはバハムートと同等です。召喚効果は近年背水1強環境でなくなった事や高難易度が増えた事もあり腐る場面がかなり減りました。バハムートとどちらかが優先？というのはどちらの方がより育ってるか、闇のワンキル要員として使えるかなど自身の環境によるのでお好きな方で。

フレイ→召喚効果が非常に強く大体どこにでも持ってけますが金剛使う？って言われると上記2つの方が優先度は高めです。上記2つが終わり他に解放したいものなどが特になければしてもいいかな？ぐらいです。

シヴァ→凸って喜ぶのはほぼフレンドだけです。属性+20%付いたところで劇的な火力の向上にはあまりなりませんしシヴァ自体現状は自石ではなくサポで拾うものみたいな感じなんで優先度はかなり低めかと。最終が来たらまた話しは変わってくるんですがまぁしばらく無さそうな雰囲気ではあるので保留で。

まずはバハルシ最終ですね。
理由は他の方が書いているので割愛します。

それ以降はアーカルム石のSSR化にも使うので金剛は一旦温存しましょう。
金剛に余裕ができたらシヴァに手をつけてもいいですが、別の石を引いてるかもしれないのでその時はまた相談頂ければここの優しい方がアドバイスくれるかと。

　既にご存知でしょうけど、バハ・ルシ4凸には金剛使えないので注意ですね！（自分知らなくて苦労しました）
フレ石で拾えるってのも確かに一理あるんですけど、自分の意見としてはルシ、バハに関しては素ステが上がるので自身の戦力強化に繋がる為に最終上限開放してもいいのではと思います。

　特に最近はソロ討伐したりとか、少人数マグナII連戦部屋に参戦する際に自石でステータス強化が図れるのは結構大きいと思うんですよ。
　召喚石は5枠しかないので、できるだけステータスの高い石を入れたいなぁというのが自分がルシ・バハを勧める理由です。

　フレイ、シヴァに関しては無凸でも使えるので一通り整ってから自分が必要と感じたら凸する感じでいいかなとは思います。
　自分も今ルシ・バハ・トール・高級鞄・ゴッブロの凸が一通り落ち着いたので、これからシヴァ・ロペ・フレイあたりに取り掛かかろうかなぁと思っています（^-^

トールは重ねて良きだったかと思います。

フレイはマウントが欲しい場合に
バハ4凸で闇のワンパンなどで限定的に活躍アリ
奥義ダメージが上がるから序盤にも強いあと、ステータス高杉君
ルシ4凸での回復がイイ アーカーシャなど回復が欲しいマルチで自前であれば便利 ステータス高杉君2
シヴァ 長期想定の敵でトドメなどで入ることは入るけど凸させるメリットがやや薄め

金剛の使い道はややセンスと何を目的としてっていうところがあります。

個人的にはルシ バハが優先高めですが、３凸の金剛を確保しつつ4凸素材を確保できる場合はって感じです。
完凸出来ない場合は金剛は残すべきかと

上限解放は金剛晶を用いて、という理解でよいでしょうか？だとするならば、正直どれもオススメしません。
金剛晶は現在でもアーカルム石のSSR化に用いるなどコンテンツへの用途が一定数ある一方、入手手段が古戦場での勲章がメイン、たまに周年記念や年末などで配るくらいなので、希少価値が高いです。
候補に挙げられているそれぞれの石の3凸・4凸効果と召喚効果を踏まえると、金剛晶をどうしても突っ込まないといけないという石はないです。フレンド募集の都合上4凸バハルシを作りたいという方もいますが、昨今は必須要件でフレンド募集している人の方が少ない印象。自前で神石やマグナ石を用意して、野良のバハルシ4凸を拾うなどすればようので、自前で4凸バハルシを持つメリットが薄いです。強いて言えばシヴァですが、これもフレンド募集用の意味合いが強いので、自分を強化していく観点では大人しくアーカルムのために金剛晶を確保しておくのがよいかなと思います。
トールに関しては重ねるで構わないと思います。2枚持ちで活用している例としてはアルバハHLで70/30/10のトール発動タイミングのうち2つを自分で兼ねることができるというくらいです。これも、野良募集で参戦者が募りやすい&自分でトールが完結するので信頼感が高いというくらいで、さほどのメリットもないです。