グランブルーファンタジーの回答詳細

栄誉で交換できる武器は、旧石マルチのオールド武器と高級鞄武器ですね。

まずオールド武器ですが、基本は神石運用において不要です。ただし、アグニス編成では別枠としてオッケの採用はありだと思います。

高級鞄武器の方ですが、こちらも神石運用で必須と呼べるものはルフェイとイーリアスボウくらいでしょう。編成候補で言えば、短期戦用のファイアオブプロメテウスとメイン武器用のヘルマニビスでしょうか。（ヴァルナは他で強力な武器が比較的楽に揃えられるので不要）

お持ちなのはアグニス、ヴァルナ、ゼウス、ハデスとのことなので、ヴァルナ編成の次に何を強化したいかで方針が決まるのと思います。

また、質問内容と逸れてしまう形で申し訳ないですが、アテナに金剛を優先する理由って何でしょうか。

確かにアテナは各編成のサブ石として置きやすく、ステータスの上昇は魅力的です。一方で、凸しても恩恵がサブステータスしかなく神石持ちなら優先は低いように思えます。

アテナは無凸でも役割はありますが、神石は３凸でなければ何の役にも立ちません。入手に限りある金剛をアテナに使うのは非常にもったいないです。特に質問者様は神石でも非常に強力はヴァルナ、ハデス、アグニスをお持ちということなのでなおさらです。

あくまでそこら辺にいる中の一人の意見として参考にして頂ければ幸いです。