終末の第2スキルは？

『奥義を打つまでもなく終わる(1回打つぐらいで終わる)』なら進境効果も奥義追撃バフも関係ないですよね。
結局は使い分けです。

水は追撃のために終末進境握る、というのはよく言われますが。
それ以外の属性の場合、例えばランバー/モンクあたりでメイン終末を握れるか、メインで他に強い武器があるか、他の進境武器が入るか、などで想定が定まらない限り何も言えません。
どっちらけスキル変更は容易なのでその場に合わせましょう、以上のことが言えない。

他の回答に対するコメントで日課や貢献度稼ぎで優位に立ちたいとの事であれば短期戦の活用となるので「長期戦が前提となる」進境は考えなくて良いですよ。
フルオートにしてもそもそも片手間で行いますし、何より画面見ないんですから時間がどうとかより生存重視で良いですよね？
であれば今のままにするかドラゴニックウェポンでも採用する方が良いと思いますね。

情報は取捨選択してなんぼです。

使い分けだけど、ルシ戦もうやりたくないって話なら
無理に変える必要はないかと。
変えてどんな敵行くの？って話ですし。

ルシ戦やらないならあとはアルバハソロとか
ソロコンテンツ位しか強い武器必要ないかな、と。
古戦場なら付け替えする程でもないし。

俺は似たようなものなので付け替えしてません。

第2スキルは連戦でとうにでもなるので付け替え。オメガと共存しないので古戦場とかいろいろしてると割と付け替えは多い。今のうちに。

第3スキルは短期戦なら渾身、背水が良いです。相手の強い中長期戦かつ、他の武器で渾身が十分に足りているなら進境がいいです。

メインについてですが、そもそもメインで持つことそんなにありますかね？僕は水刻印パでちょっとターン数かかる救援でよく使いますが、付け替えるの面倒なので渾身のままですね。
逆に、メインで持って追撃欲しいときがこれくらいなのでそこまで気にしなくても良いかと。
というか、ルシHLに通えるレベルなら素材集めて付け替えすればいいです。

それは自分の環境によると思いますよ？
メインに持って手数多く通常軸で殴るなら、追撃が付いたほうがいいと思いますけど、メインに持たずに奥義軸だったり背水だったりすることが多いならそれでいいかと。
付け替えられるのですから、たとえば私は今は奥義を使うほうが強いので渾身を使ってますが（闇すら渾身！）、ランクあがって、キャラも揃って、奥義オフで殴ったほうが早いとなったら、付け替えると思います。
決まりはないので、自分が使いやすい・自分にとって一番ダメが出る、そういうスキル選べばいいと思います。