無凸ラファエルを入れるか否か

減衰が出せる環境や運用方法が確立出来たらその編成に投入するだけです。
バフが掛かったら減衰が出る、なら入れましょう。
風属性のバフは長期にわたるものが多いです。

ゾーイで背水着火して瞬間火力を確保した、なら入れましょう。
想定は短期戦やつよばはですよね、減衰が伸びればレースに勝てます。

常時減衰が出る、入れない理由がありませんよ。

ちなみに減衰といっても段階を踏むので、その段階の1段目にでも火力が届いているなら上限UPは意味を成しますので覚えておくと良いでしょう。
（例えば通常攻撃の30万減衰（天司無し、ありなら36万）とか、詳しくは減衰の仕様を調べてみて下さい）

無凸でも下がった攻撃力を補って有り余るダメージ増加量かと
まあ、トライアルで殴ってみるのが1番です
で、増えたダメージと他の石にしたときの召喚効果と比較して、編成に入れるかどうか判断しましょう
自分で試して入手した情報なら、今後も変に悩む必要は無くなりますしね

んで、武器の完成度ですが、4凸銃編成でもHPを調整すればいいダメージ出してくれるので、4凸マグナ以上なら恩恵は大きいでしょうし、水ゾ入れた短期決戦なら言わずもがな、です

銃4凸なら水ゾでもぶっこめば上限叩くと思うのでそん時にでも、あとは他の人が言ってるようにそれ以外のバフがかかった時に減衰になるならでいいですし、想定するHP帯によっては上限叩きやすくなるので火力が高い敵ほど枠さえ余っていれば入れやすくなると思います