準M・3位の際の金箱と赤箱は同時に入手できますか？

2位・3位時の追加報酬は、
順位赤箱or通常手に入る箱が1つ追加
です。なので、赤箱が貰えた場合はもう一つの箱は貰えません。
解説すると、敵から手に入る箱は8種類設定されていますが、マルチバトルでは2箱分が赤箱に設定されています。
そのうち1箱がいわゆる自発箱、もう1箱が順位箱となっています。
2位・3位時に赤箱が抽選されなかった場合、残りの6箱から抽選されます。
抽選方法は設定番号の若い順にそれぞれ箱のドロップ率で計算されます。

以下全てマグナ戦の場合です。

マグナだと宝箱が８種類あります。内訳は、確定報酬の金箱が２つ、抽選報酬の金箱が２つ、この４つの金箱にはSSRはおそらくありません。残りがSSR確定の金箱が２つ、自発報酬の赤箱が１つ、順位報酬の宝箱になっており、こちらの４つにはSSRの抽選があります。

なので、救援であれば順位報酬が３位だったが赤箱を引いたということになりますので、SSR確定の金箱をひいたということで間違いないかと思われます。

要するに、準M・3位で赤箱が貰えた際は代わりに準M・3位報酬の確定金箱が貰えなくなるのでしょうか？
→というよりも、準M・３位の報酬は赤箱か金箱なので、確定金箱ではありません。赤箱のほうがSSR率が高いので、赤箱だとラッキーって感じです。

救援で宝箱７つとれればSSR２つは確定しますし、自発で８個とればSSR２つが確定します。

質問されている内容の通り2位3位になった際赤箱が出た場合、順位報酬の金箱は選択されません。

報酬結果の内訳としては「通常報酬金4箱+順位報酬赤1箱+SSR確定報酬くるりん金1箱」となるはずです