この中のどれか一つに金剛晶を突っ込んで3凸するとしたら...

神石については今この瞬間に3凸すればめっちゃ強いと確定的な武器編成状況になるまでは放置が鉄則なので余程リミ武器とダマスカスがスタンバイの状況か明確にやりたい編成が無い限りは考えないで良いと思います。先に凸して武器集めてる間にダブったら悲しくなりますので。そうなるとバハムートかグリームニルの好きな方じゃないかなと思いますね。バハムートの方が四凸あるのでサブ石としてほしいですが目新しさもありますしグリームニルでもいいんじゃないでしょうか♪

どこまでゲームを遊ばれるか分かりませんが、僕は「4つ全て、マグナ石に使う」という選択肢も有りだと思います。以下、各石別の見解です。

●属性石
両面属性石にしないのであれば、一番金剛を使うと、後々後悔する石です。片面属性石の運用をするのであれば、その片面の神石かマグナ石に金剛を使った方が、強くなるには早いです。（マグナ4凸の為の素材があれば、もちろん金剛は使わなくて良いですが）

●神石
「神石の4凸上限解放まで待てる」「リミ武器/課金武器を複数本持っている/今後狙って出す」
以上の2つの事を覚悟出来るなら、神石に入れても良いと思います。

●召喚効果利用
サブ石に金剛を使うのは、「6属性のメイン石が3～4凸している」or「6属性全てに出張してもいい超特化の1属性をより強化する」という状況くらいです。なお、「3凸しないと召喚効果が弱い石」は「現状では弱い石」です。その為、一旦これはスルーして下さい。

●マグナ石
・3凸までは無課金ドロップでOK。
・4凸はゲーム内アイテムで上限解放可能できるが、上級者でも面倒。
・新武器も中々強い。
・神石の最終上限解放が未発表なので、現状では最強の召喚加護。

グリームニルをメイン装備にでもしない限りバハムートでしょうね。最終解放すればステ用も召喚効果利用も活用できます。
グリームニルは解放しないでも召喚効果は優秀ですから。

課金武器が複数揃ってるなら神石もあり。
ただし現状マグナが優秀ですので神石編成にテコ入れがないと辛そうですが。
もちろん理想編成出来る位装備があるなら別ですが。

お持ちの石の中で、候補を挙げるならばバハが優勢でしょうか？
でも、取っておけ論もわかる気がします。

●属性石
グリームニル
バハムート
→両方未所持ですが、やるのであればバハのほうが好まれるでしょう（バハと同時期実装のルシ４凸しましたが、どの編成から抜けませんので）

●神石
アグニス
ティターン
ゼウス
ハデス 2凸
→何れも、神石編成に移行するために武器収集することから始まります。（もしくは武器が揃っていた場合に３凸する）
極めれば強いですが、必要武器本数も高く、マグナ２実装もあり、無課金ではつらいところです。（ヴァルナ以外）
将来的に、グラブルをもっとやりこんで、課金もそれなりにするのであれば、優先度高いのですが。。。
神石がこれだけあると、とっておくほうがいい、という意見になる気もします。

●召喚効果利用
アナト
→最悪手です、絶対やってはいけないです。
カジノ１０００betポーカーに通いつめて３凸しましょう。

プロメテウス 2凸
→良手とは言えませんが、４凸まで走るのであれば、なくもないかな、、、（４凸は素材集めましょう）
なお、私は火パ強化を進めていた時期に、金剛使いました。

ご参考まで。

バハムートが腐りにくくておすすめです。
ステータスが高く、召喚効果も強いのでどの編成にも編成することができます。

グリームニルはたしかに強いんですが、今の風のトレンドがティアティアの渾身技巧編成なんで将来使わなくなる可能性があります。
とは言いましたが、グリームニルのスキルは風背水にマッチしていますし、敵によってはティアグリームニルになる場合もあるのでなんとも言えませんね。

いろいろ話しましたが、バハムートがおすすめです。

ぶっちゃけるとその手の「取っとけ取っとけ」って所謂「ラストエリクサー症候群」みたいなもので大事に取っといて結局使う前にグラブルやめましたorグラブルが終わりました、、みたいな事になるのが目に見えてるんですよね。使いたいと思った時に使うのが1番いいかと。

個人的にはバハムートが1番最後まで腐らなそうな印象を受けます。

○神石
武器が無ければ凸っても宝の持ち腐れ。
準備が出来たら凸、ぐらいの気持ちで。
マグナも強くなっているので逆転＆運用ラインは自分の中で明確に決めておいた方が良いです。

○属性石
バハ＞グリムぐらい。
4凸で効果が変わる＆ステが爆発的に伸びるバハはメインとしてもサブとしても有効に働きます。
（召喚目的の無凸召喚石のステを補えるレベルにはステが高くなります）
グリムはそのままでも使える、召喚効果が変わらない、と他に比べて凸を進めるメリットが少ないのが優先度が下がる要因。

○召喚効果系
多分アテナですよね？
四凸すれば高ステに再生も付くので高難易度（特にアルバハHL）で重宝しますが、凸を進めなくてもカット石としては使えるので優先度はそこまで高くないですね。
プロメテは3凸（4凸）で召喚効果、及びステがかなり伸びるので凸を進めたい所ですが火属性を伸ばす気があるかどうか主さん次第な所があります。

○結局どれに使うよ？
自分ならバハ最優先。