バハ武器を複数編成するメリット

マグナ編成にバハ武器を二本放り込む意義は、HP確保くらいだと思います。
4属性はセラフィックウェポンの神威とバハ武器1本でHP確保が楽になってきたこともあり、メリットは薄いです。
EXをメイン武器できる属性だと、少し恩恵も増えますが、
マグナ4凸攻刃を抜いてまで編成するメリットはあまり無いです。マグナ未完成でとりあえずでの編成になりますね。
マグナ4凸が揃ってくれば2本目のバハ武器は編成落ちします。
入れるならフツルス化し、武器のレベルを150まで上げるべきでしょうね。

まず、バハ短剣のフツルス化による恩恵は"HPに倍率が乗ること"、"エルーンに倍率が乗るようになること"が上げられます。ヒューマン{種族不明、星晶獣(以下省略)}のキャラの攻撃力倍率が上がるわけではありませんが、上記の恩恵は計り知れないものだと思われます。

次にマグナ編成でバハ剣(ノヴム)を入れるメリットとデメリットについてです。メリットは、ヒューマンのキャラに通常攻刃、通常守護の倍率が乗ることです。デメリットはエルーンに倍率が掛からないということ、マグナ編成で通常攻刃を増やしても恩恵が少ないということです。

マグナ編成は、土のテスカ編成を除いてほとんどがヒューマン＋エルーンorドラフで固め、その恩恵が最大限乗るバハ武器を1本差すのが主流です。四天刃やバハ武器、四象武器などで通常攻刃の枠はかなり増えるので、方陣攻刃を抜いて２本目のバハ武器を入れても火力が下がり、尚且つ種族によって倍率がかからなくなります。

最後になりますが質問者様はバハ短剣をフツルス化しても、表示攻撃力や計算機を参考に火力が伸びないと仰りましたが、メインパーティーの他種族キャラのことを考慮せずに考えている節があると推測いたします。HPを盛ることで耐久力の上昇、それに伴い他心陣の初ターン四天奥義の使用可否、他種族へのバハ武器の恩恵などかなり有用であることを理解して頂きたいです。
何か疑問があればお聞きください。

バハ武器は最終的には1本しか入りませんが、装備が揃ってない場合、繋ぎとして2本入る場合もあります。バハ武器を2本入れるメリットはHPが増やせることですね。

結局のところは今の装備次第ということになるので、トライヤルなどで実際に殴ってみて比較してみるか、バハ武器の計算もできる計算機を使うことをオススメします。

計算機は「元カレ計算機」というのがオススメです。

バハ剣のフツルス化についてですが、メインで使うドラフキャラがいないのであればまだ後回しでもいいかと思います。