グランブルーファンタジーの回答詳細

ハイド Lv28

マグナ無垢剣編成とアグニス編成では、ベルセルク想定の場合レイジの乗りの良さと背水の乗るまでの時間がかかる関係上、弱い相手にはマグナ編成の方が強いです。しかし、火の無垢剣編成ではダメカ、デバフ、マウントを用意出来ないので、相手が強力な特殊技を使ってきたり、複数のデバフをかけてくると、直ぐにパーティーが壊滅状態になり、結果的に火力が出なくなります。
そもそも質問者さんはベルセルク想定とのことですが、ベルセルク自体がマグナ編成に有利な条件で有り、アグニス編成では主人公が剣以外のジョブになれ、相手によって使い分けられる事が利点です。特にエッセルを解放しているのなら、尚更ベルセルクに拘る必要は有りません。
結論としては弱い相手なら無垢マグナ、強い相手にはアグニス編成の方が火力が出ると思います。