マグナ三凸以降の優先度

マグナⅡ自発だけでいいよ。
これ終らないと次進まないから。
オールドもマグナⅡ武器もマグナ4凸もマグナⅠ武器凸も全部これで集まる。
まぁ他のアニマとか必要に応じて挑まなきゃならない素材もあるけどそこは都度挑んでもらうという形で。

あと天司武器4凸で色々必要になるから今やってる四象降臨だけはしっかりやった方がいい。

石→オールド、マグナ2→天司
アーカルムは逐次攻略すべし

アーカルムの中ではプライマル2に相当するマルチボスのアニマが結構面倒なのでそこを日課に追加すると安心
呼ぶのにコストが結構かかるけど

言いたいことはあらかた出てるので漏れてる可能性のある部分を中心に。

オールド：
複数本入るのは火、水だけです。土風が1本ずつ、光闇はまず入らない。
火水ぐらいは4凸素材で使うアニマ回収のためにも自発しておくことをおすすめします。時間があれば。

日課：
マグナ1のEX+が日課に書かれていないので。これも必須。スキル餌とエレメント回収のため。

やりたい属性のマグナIIも、時間と召喚素材に余裕があるなら日課として自発しておくといいです。
MVP箱は無理だと思いますが、自発赤箱のマグナアニマ率が高いので。(アニマ交換はエレメントが結構減る)

あとは挙げている武器とは全く関係ないですが星晶の欠片交換、これは十天関係。4月からは月1交換の予定です。

前に回答されてる方がおっしゃっている通り素材がないと凸も強化もクソもないのでできるコンテンツを日々消化しましょうとしか言いようがないですが、一応個人的に思う優先順位としては
マグナ石4凸＝天司SSR＞マグナ2集め　
マグナ2はある程度装備が整ってから連戦部屋の入って集めるのが一番効率がいいと思います　

マグナ1武器4凸は将来入ってこないので3凸で止めていいです　5凸の配布があるので新たに作る必要は無し
オールド武器は泥率が地獄なのでコツコツ栄誉で交換しましょう
こんな感じでしょうか

やれる事からやればいい、それだけです。