ヨダが使えるところ

基本的には固定100万ダメが生きるのは質問者さんのおっしゃる通りだと思います。

初心者の方には格上の敵を楽に倒すことができる点が有用であり、ある程度装備が整った方には格下の敵を効率よく倒すのに有用なキャラです。

補足として、島ハード周回用としては、質問者さんレベルの方でも十分有用だと思います。
トレハン装備、アビ編成で両面カグヤなどのドロアップ系の召喚石を装備していくとバフデバフなしでワンパンすることは厳しいと思います。しかし、ヨダですと固定ダメージなので装備や召喚石は関係ありません。
ヨダ以外の枠にR、SRキャラを配置することで効率良く武勲ボーナスを取得できますし、属性ごとに専用のパーティーを構築する必要がありません。
AT時以外でも３ターン目には奥義が撃てるので、AT時ほどではありませんが、十分使えます。

一応、この点で上位互換としては最終解放サラーサがおりますが、簡単に取れるキャラではないので…（ディスペアー剣聖は装備のハードルが高い＆主人公のジョブが制限される点、水着ゾーイとガウェインのコンボは枠2枚使う点で上位互換とまではいえないかなと。AT以外でしたらこちらの利点が強いですが）

また、普通にSSRキャラとして使うのももちろんありです。こちらのサイトのキャラ解説にもありますが、短期戦では特に有用です。
LBの実装により長期戦にもそこそこ対応できるようになりましたし、かばう持ちなので、役割は必ずあります。
ただ、種族の問題で意外と火力が出ない＆自前で連続攻撃アップが用意できるようになると、他キャラが優先されやすいという面もあります。

初心者の頃に引ければ超大当たりですが、それ以外でも便利キャラとして当たりのキャラだと思います。

あとは無属性なので属性ダメージが通りにくいキャラに使えるのも重要です。

というか、もちろん目玉は奥義100万ですが単純にキャラとして強いですよ。
確定TAに高倍率の序、回避アビもあります。
短期戦では十分にスタメン入りが考えられます。

シルヴァがいる場合は4アビから交換し100万ダメからTAで殴るという使い方もできます。

奥義だけ見ると100万固定ダメを活かしたAT開幕ぶっ放しによる貢献度稼ぎくらいですね。

一応確定TAを利用した神石玄武拳の組み合わせもなどもありますが。

奥義だけを見る場合でしたら、投稿者様の①②に加えて100万ダメの固定ダメを活かした貢献度稼ぎ(マグナボスのMVP狙い含む)以外は多分ありません。