SRからSSRの移行

スキル上げをする餌をムダにしないためにも無凸で並べていくのをオススメします
火の杖なども３凸SR斧に比べると無凸では火力で劣りますが、同じスキルレベルまで引き上げると性能としては上回りますので

大抵のＳＳＲなら無凸でも石をマグナしてＬｖ１０にしてたら入りますので（ＳＲはさすがにＬｖ１０にはしてないと思うので）
最終武器構成分を並べるのはありです。3凸までするのはちょっと早いです。
なのですが、ＳＲ方陣使ってる時点で
通常攻刃とかそろっていないので
1凸か無凸で通常攻刃と交換していくのが良いと思いますよ

ずばり、属性、SSR武器の種類、そしてスキルによります。
水や風、土あたりは攻刃のついた無凸でも強い武器がいくつか
あるのですが、特に火については杖（ケーン）で、
強化（スキル上げ）しないと使い物になりません。

で、ここで重要なのは見かけの攻撃力ではなく、
スキルの高さです。
攻刃スキルの計算の概念についてはGameWithさんの記事を
見るなり、外部のブログを見るなりして勉強して頂きたいの
ですが、SSRの攻刃スキルを持った武器を強化した場合、
SRの同様の武器と比べて10％（まではいかないはずですが・・・）
近い差が出るはずです。
で、属性とスキル種別が同じスキルの武器を3本装備した場合は
3本分プラスされます（実際はもっと複雑なのですが。。。）

よって、質問の答えとなりますが、「無凸で強化して3本並べた
方が攻撃力が高くなる」ということになります。
スキルの攻撃力の倍数を調べて、どっちが高いか確認したうえで、
入れ替えていくのがベターかと思います。