どちらのバハ武器がよいのでしょうか？

まず最初に
主人公はヒューマンではありません
？？？族に分類されます(リリィ等のアンノウン枠)のでどのバハムートウエポンを作っても適用されます。
本題ですが、自分も最初は悩みました。ガンツスさんと同じようにドラフが非常に多かったのですが、運良くバハムートアクスをドロップできたので斧を作りました。
正直、今自分がどのパーティをよく使っているか次第だと思います。
使っているパーティがヒューマン多めなのかドラフ多めなのかで決めてしまってもいいと思います。
バハムートソードはヒューマンとドラフの両方に効果が適用されるので作って損はないです。
もし、もう1本つくるならフツルスまで考えたとしたら短剣、いまのパーティをより強くしたいなら別のもの程度で構わないかと思います(効果がなるべくかぶらないように調べてください)

他の方が色々と答えてくれてますが、私の考えは短剣のみをまず作る。です。理由は角自体が入手難度が高い事、迂闊に剣も作ると最終的に角はあと６個も必要になり、大変手間です。まず短剣のみをノヴム化させる所まで進めて、ランクがまだ１０１に到達していなかったら剣も作る・・こちらの方が精神的にも色々と楽です。他の方はともかく、自分の場合、去年の１１月頃から現在まで３０数回弱バハ（１度だけMVPを取得）参加しましたが、１個も落ちません（涙）。自身の運に自信があるなら、剣も作っても良いと思いますが、もしそうでないなら短剣だけに留めた方が良いと私個人は思います。

結論から言うと2つ作れば問題ありません、バハ剣と短剣の効果は重複します。
角1個目は自発報酬で貰えますし、2個目は朽ちた武器集め兼ねてプロバハ救援入っていれば出ます。

次にどちらが優位かと言う話ですが、エルーン云々の性能は相当先の強化後の話なので現状気にしないで良いです。仮に気にする位のレベルになった時はエルーンの割合も偏らずそれなりに居るでしょう。

ドラフについては、主人公で既にヒューマン1なわけで、仮にドラフが常に1人は居るとしても残り2人の割合的に結局ヒューマン優勢なのではと思います。

で、その2つ作るうちの順序ですが、1本目は現状最大の恩恵を得られるバハ剣で良いのでは。その後短剣で2本編成にすれば、6属性x2枠埋まるので結果的に武器スキル上げが大分楽出来ます。バハ武器はスキルレベル1でも十分強いですからね。