シヴァ運用について

①シヴァアグは神石編成の強みである三手や技巧とシヴァをすぐに召喚できるアドバンテージと合わせて短期で大ダメージを狙う編成
②シヴァコロは今現在質問者さんが組んでいるであろう、特に言うことのない普通の編成
③シヴァシヴァは弱点補正が効きにくいため対風以外にも使いやすい編成
なので、どれで運用するか？ではなく、敵に応じて適切な編成で使い分ける、が理想です

二つ目の質問の回答ですが、どの編成にもベネディーアは入れられます
①と③には2本、②には1本入ります

これからは②の編成の強化を進めつつ他の編成で使う武器を集めてみてはどうでしょうか

運用難易度でいえば
　シヴァ-コロ＞シヴァ-アグ＞シヴァ-シヴァ
強さでいえば、
　シヴァ-アグ＞シヴァ-シヴァ？シヴァ-コロ
といったところでしょうか。
ただし、シヴァ-アグは技巧による期待値と背水状態での攻撃アップ含めてです。

補足です。
【シヴァ-コロ】
杖であれば、武器収集が一番やりやすいです。
ただしオッケを掘り始めると沼ります。
コロ石フレがそんなに多くないように思えるので、そこがネックです。
杖３凸完成で、シヴァ-コロとシヴァ-シヴァ（無凸）は同程度の攻撃力になります。
杖４凸は完成が早いですが、連撃がのらずに頭打ちになります。
オメガ武器の採用も検討するといいと思います。
ベネは通常枠として最有力候補です。
【シヴァ-アグ】
攻撃期待値が大きくなりやすい編成です。
無課金では、アテナ道場とフラム道場へ通い詰めることで作成できます。
エッケはオッケよりも落ちやすいですが、マグナよりも落ちないため、半額時に集中して３０連をするなどして集めないと時間はかかります。
アテナ槍で連撃をあげることができるため、オメガ武器はなくても強いです、あっても強いですが。
ベネは、技巧枠とみるか、連撃枠とみるかで考えが変わります。
連撃枠だとアテナ槍と本数をご相談、技巧枠なら背水武器の本数との兼ね合いとなります。
将来的に、アグをひいたときの下準備ができます。
【シヴァ-シヴァ】
編成難易度が一番高いです、イフ斧沼に浸かってもいいのであれば一考です。
マグナ編成同様、連撃が乗らないのでオメガ武器の採用も検討するほうがいいと思います。

ご参考まで。