ここから火力を上げるには？

輝き交換は活用していますか？
月にマグナ武器2つ程交換することができます。
R、SRのパーティーでリヴァマグの救援に入ってキャラが落ちない程度に殴りましょう。マグナですとMVP目当てで強い人が入ってくると思うので、勝てないということはないと思います。

キャラが水に偏っているということで、もしヨダ爺をお持ちでしたら
AT中にヨダ爺＋R、SRキャラを編成したパーティーで、奥義打つだけで島HARD周回と輝き集めができますのでお試しください。(リヴァとセレストは少しHPが高くヨダ爺の奥義だけでは落ちない)

人によっては、輝きはマグナ武器の中でもドロップしにくいセレ拳やシュヴァ剣を勧めている人はいます。が、チャビオさんのようにまだSSRを並べ終えていない方は6本並べ終えるまで使いたい属性のマグナ攻刃武器を集めることをお勧めします。

単純に火力を上げるにはSSRマグナの数を増やすしかないでしょうか？
→その通りだと思います。しかもある程度SR武器を育ててると無凸のSSR差し替えたところで目に見えて変わるようなものでもないので、少しずつしか強くなりません。イベント武器とか古戦場武器の入れ替えで３凸をいきなり編成すれば多少変化はわかります。

あとは召喚石の編成している装備召喚石の凸とレベルを上げるか、ジョブをマスターするかジョブのリミットボーナスをつけるくらいです。

これ以上SRのスキル上げは勿体無い気がします。

リヴァイアサン狩ってSSR短剣漁りでしょうか？SSR短剣拾ったら凸らないでスキル上げ、スキルレベルが低いSRと交換して敷き詰め、その後スキルレベル高いのから凸っていく感じかと思います。