グランブルーファンタジーの回答詳細

＞調べてみたのですが、マグナやアグニス等の理想編成くらいしか見つからず、自分はどうすれば良いのかわかりませんでした。

とりあえず目指すのはどのルートであっても、マグナ編成と決まっているのでマグナのSSR攻刃を３凸とスキルレベル10を全属性目指すといいかと思います。一見難しそうですが、ここまでは間違いなくだれでもできると断言できます。

＞マグナ編成は完成しておらず・・・

マグナなら攻刃を必要本数並べる→並べたら同時にスキルレベルを上げる→上げつつ並べる本数を超えた武器から凸するが基本です。ちなみにマグナのSSRだと風と土は攻刃が２種類、火と水は１種類で、光闇は落ちにくいので種類は多くても他より集めにくいです。ゼノの光は目標無凸１本であきらめるか、死ぬ気で４凸作るかの2択なので、始まってから考えていいかと思います。（2凸と3凸が一番中途半端です）

＞そもそも既にマグナ×神石がいいのか、何％up×神石がいいのか
スキルレベルやSR/SSR、無凸３凸等どの辺まで行ったら変えるといいのかなど教えていただけるとありがたいです。

基本的にマグナ編成を目指すなら、マグナ×属性80％以上もしくはマグナ×マグナがいいです。（この場合のマグナは３凸は絶対条件です）神石の場合は神石×神石がよくて次いで神石×属性です。属性×属性は相当ハードル高いので無視でもいいです。
廃課金の神石＞廃課金の属性属性＞＞＞4凸マグナ＞＞無課金神石＞無課金マグナ　強さだと一般的にはこの順序かと思います。

SR攻刃を繋ぎで入れるならスキルレベルは5でとめる。
SSRは上に書いた通りです。この通りやればそこまで無駄はないです。

前の回答者の方も書かれていますが、このサイトの記事を見た方がいいかと思います。なぜ上記がいいのかとかを理解したほうが楽しいということと、グラブルは最初のチュートリアル以降に説明が一切ないので、自分で調べる方法とかを調べた方が楽しいです。ちなみに武器の編成でいえばざっくりした計算式があるのでそれを頭に入れるとざっくりの強さはだいたいわかるようになります。

長文しつれいしました。