グランブルーファンタジーの回答詳細

どちらもLv100まで上げています。
どちらにも強みはあるので、最終しなかったほうも余力がでたら最終したほうがいいと思います。

で、どちらが使う場面が多いか、後々まで使うかといったら、圧倒的にマギサだと思います。
ランク178になった今でも、マウントが欲しい敵のときには編成して使っています。
反対にガンダゴウザを使う場面はあまりありません。
（１アビの上位暗闇が効果高いので、ナタクなどはまるとことはあります。また拳パーティにすると強いらしいです。）

じゃあマギサが火力があるかというと、Lv90以上にあげて、4アビで魔神モラクスを召喚できれば強いです。
モラクス召喚すると、攻撃力1.3倍、常時DAなど火力がすごく底上げされます。
ただし、モラクス召喚するとHPがずるずると減っていきます。
これは、高ランクでHPが高くなるとあまり気にならないし、武器としてオールド・エッケザックス（オッケ）をたくさん編成して背水で戦るとむしろメリットになります。
しかしランクが低く武器が整ってなくてHPが低い状態だとただひたすらもろいだけになります。
なので、初心者の方が「火力がでるでしょうか」という場合では、一概にYESとは言えないところがあります。
（「安定して戦えるでしょうか」「後々まで使えるでしょうか」でしたらYESです。）

ガンダゴウザは、古今無双の大拳豪というから火力がすごい・・・かと思ったら、実はそうじゃなかったりします＾＾；
実装したてのころは「産廃」と呼ばれるほど弱く、何度かのアップデートを経て今に至っています（なので昔の攻略記事だと非常に弱いと書かれてたりしますが今はそうではありません。）
古今無双Lvというのがあって、攻撃を当てるごとに最大Lv10まで上がります。古今無双Lv10の状態で奥義を打つと強いです。
Lv90で1アビにダメが追加、Lv100で2アビに奥義即発動＋古今無双Lv10が追加になるので、Lv100まで上げるのなら、短期戦ではガンダゴウザのほうが火力が出ると思います。
3アビでPT全体の火属性攻撃とDAアップ、サポアビで格闘キャラのDAアップがありますので、格闘PTにするときは強いと思われます（私はしたことがありません。）

なので、「火力がでるか」という答えにはどちらも条件付き、総合的に見てマギサをお勧めします。