バハ武器(マグナ）

予測ダメ云々：
武器編成ではクリティカル、与ダメ加算、連撃率は予測に反映されません。
当然後乗せのキャラスキルバフ召喚バフも反映されません。まずはこれを念頭に置く必要あり。

本題、バハ武器の有無：
上記要素を除けば純粋に『空き枠にどの武器を入れれば一番増加倍率が高いか』でしかありません。予測ダメージにも反映されます。
例：マグナ編成でのEX武器とバハ武器……
1本目は倍率がアスポン>バハ武器なのでアスポンを入れるべき。2枠目はEX武器が六道となり、六道<バハ武器なのでバハ武器を考慮する、みたいな流れです。超単純には。


じゃあバハ武器なんで入れないの：
特に風と光はバハ武器が入りません。通常攻刃が過剰だから。
風マグナは最低限でも天司12％とビーク33％*2本がすでに入るはず。→178％が攻刃倍率。
それに追加でバハを足しても、32％を足して210％、比較元の178％からの伸び率は1.18倍。
この倍率であれば他武器を考慮したほうがたいてい伸びます。

他属性は倍率だけなら通常攻刃が少ないかほか選択肢がリミ武器しかないためまだ入り得る話ですが、まがりなりにも種族縛りがあること、他に優先して入れるべき武器が発生しうること(例：水奥義軸のコロンバ、闇背水のセレ爪追加)などから一概にどうこう言える話ではありません。

どのような編成、キャラを使用しているのかの具体例がないので1万も上がるの詳細は分かりませんが、バハ武器を外す理由は色々あって、
①通常攻刃バフの通りを良くするため
②キャラ編成の自由度を上げるため
➂他武器を優先した結果抜けていった
④既に十分な攻刃枠やHPが確保出来ている
これらが一般に考えられます。

まず①ですが、これは同じ枠のスキルは重ねれば重ねる程効果が相対的に低くなる事を理由とします。
干支バフ等の長時間持続する効果量の高い通常枠バフは通常攻刃枠の少ないマグナの方が通りがよく、神石では微妙という話は聞いた事があると思います。
この通常バフの通りをより良くするためにという考えでバハ武器を外します。
例えば、アニラやクリネモネを同時編成した火マグナなんかは通常攻刃バフが大量に盛れるので、HP増強をシヴァ剣やシヴァ杖に任せてバハ武器を外したりします。

②については、バハ武器の縛りが邪魔になるケースです。
昔は使用頻度の高いキャラに偏りがあり、2種族＋αの縛り程度はどうにかなるケースが多かったのですが、最近では様々な種族にスポットライトが当たるようになり、単純に縛りが邪魔になってきているという状況になっています。
対応していないキャラには何のスキル効果も発揮しないので、そんな事をするなら全員に効果のある武器を編成した方が効率がいいという考えです。

➂については、例えば風属性マグナ編成であれば、
・メイン1
・グリム琴3
・ビーク2
・終末1
・アストラル1
・オナラ1
・ティア拳1
両面短期編成であれば大体こんな感じのに行きつくと思います。
この時競合するのは同じ武器枠のビークになりますが、バハ武器と比較すると、
・バハ32%に対してビークは33%
・Exスキルで更に強くなる
・種族縛りなし、アビ与ダメUP付き
・短期であればHPは不要で、仮に必要ならグリム杖といった別の優秀な武器がある
となり、編成の余地がありません。

④については、光マグナ編成が顕著ですね。
シュヴァ剣に通常攻刃が付いていて、尚且つHPも神威で十分に盛れる以上バハ武器の価値がありません。

単体で説明してますが、大体複数の理由に同時に当てはまって「邪魔だな…」と感じて抜く、という過程をたどります。

詳しい説明は他の回答者の方の通りです。

ＨＰについて触れられていたのですが、
ランクが上がると主人公の味方全体ＨＰアップのLBや
アーカルム石のＨＰアップ等で十分なＨＰが確保できるようになります。

そうなるとバハ武器はただの通常攻刃武器という立ち位置になるので、
他の有用なスキルを持った武器（主に上限アップ系）で
火力をあげる為に外そう…という感じになります。

ただ古戦場150hell等の強敵や、フルオートで耐久が足りない場合は
火力とＨＰを確保できるバハ武器はとても強いので選択肢に入る事もあります。

HP方面で言えば天司、終末ドラポンが代用になり、石やボーナスで基礎値が鍛えられる。
火力方面では上限や与ダメ増が欲しくなる程キャラや他の武器で補える。

バハ武器1つに頼る事なくまんべんなく強くなっているが回答の1つになると思います。