120マグナ×マグナ＜マグナ×属性？

そりゃ同じもの足すより別のものかけた方が火力上がりますからね。
両面は二手三手背水渾身技巧守護他、攻刃以外の部分を高める事、バフ（とりわけ属性バフ）の通りを良くする事を目的として組まれます。
神石でもハデスはともかくヴァルナは属性バフ乗せないと火力伸びませんからね。
まぁ両面やるなら属性バフありきですよ。

120マグナ×2っていうのは厳密に言うと方陣武器スキルに両面マグナ石で240％UPさせるって意味です。
ダメージ計算はおおまかに方陣×その他×EX×攻刃×属性って内容になっていて
例えばマグナ3×攻刃2×属性1＝6ですが
マグナの1を属性に割けばマグナ2×攻刃2×属性2＝8になりますよね。
なのでだいたいの場合は属性×マグナ、属性×神石の方がダメージだけに関して言えば伸びやすくなってます。

ではなぜ神石は両面が多く見られるかと言うとそこは質問者様の言う通りスキルの能力的な部分になりますね。仮にセレ爪が方陣攻刃Ⅱと背水大、オルタナに方陣暴君Ⅱと三手大がついていれば間違いなく闇はセレ×セレの一強ですがこの辺りは課金要素の差とも考えています。
課金要素とは言いましたが絶妙なバランスで無課金にも優しいのがグラブルですね。
計算式についてはWIKI等でご覧になってみてください。
長々と失礼いたしました

単純に捨てている属性部分が１２０％～１４０％と非常に大きな数値になっているからかと
あとはマグナシリーズの方がスキル的にはまだ少ない感じはしたりしますし

神×マグナを研究しようとしてる人も見ますね
ヴァルナ×鰻はすでに例が出てたりしますが

単純計算での火力比較＝戦力じゃないので何とも言えないかと思います。

例えばオルタナなら期待値計算で調子いいところつくのでしょうけど、ＴＡ率が高い方がダメは安定しますし、火力のみを追うと奥義で全部あふれるのでどれがいいかは計算機が正ではないです。

期待ダメは計算機が正なので、マグナ属性が高いのであればそれが正解だと思いますが、火力面でも本来は減衰考慮してやる必要があるので一概には言えなさそうかと思います。