マグナ編成終わってる方に質問です

現状恒常コンテンツでドロップする武器はシュヴァ剣以外に用が無くなったくらいの戦力ですが、普段はイベント報酬の回収と日課の達成のみが目標となっています
1日30分強で終わりますが、私の場合半額とか古戦場とかのタイミングでがっつり走るのでモチベの振れ幅が大きいんです

質問者さんもこのギャップに困惑してるんじゃないですか？
マグナ完成までは割と毎日やることありましたし成長も実感しやすかったですが、その後はその人の石とか興味の持ちようでガラッと変わるので
成長して触れる時間が減ったorやることがなくなったように感じることはこのゲームにおいてはわりと普通のことです

プレイ時間を変化させたくないのであれば遊び方に工夫をするのは手ですね
今はもうやってませんが、私はマグナ・新旧石マルチ・天司(HRT以外)・よわばは・6人HL(JK以外)と鞄HL(ギルガメ、カーオン、プロメテのみ)のソロに挑戦して遊んでました
ちょっとだけやってみたらどうです？
私無課金で神石編成も水と風のみでここまでやりましたが結構楽しかったですよ

モチベ保てないのならやらなくていいのでは？
ゲームを義務みたいに思ってる人がいるけど所詮ゲームなんだしやりたいときにやる、モチベないときはやらないでいいと思います。
マグナ編成が終わったらログインだけして石たまったらガチャひいて神石あたったら本格的にまた始めるじゃだめですか？

モチベ保てるかはわかりませんが、私は日課のマグナを好きなR、SRキャラでいったりという軽い縛りプレイをしています。縛りプレイをしてみると新しい面白さを発見できるかもしれません。まあ、ただ面倒くさいと思うだけかもしれませんが・・・

まぁマグナ４凸が終わるとそれ以上頑張るのはなかなか難しいところだと思いますがいざ引いてから集めたのでは遅いのが神石編成なのでなんでもかんでも石マルチを自発したりするのが一番ですよ。これが半年前なら「もう卒業かもですね＾＾」と言っていたところですが召喚石の確率が一律化された現在は例えばオケアノスを引いたら実質ヴァルナ、エウロペだったわけで近い将来何を引いてしまうか分かったものではありません。グラブルが好きならむしろ早々と神石を引いてしまうことに怯えながら「間に合えー！」って感じで準備を進めておいた方がいいですよ。幸運を祈ります。

イベント等も無く特にやりたい事が無い期間はATにログインしてアイテム交換や、島・マグナと武勲栄誉だけやっていました。
回復アイテムに関しては課金で賄えはしますが、毎日貰える汁種を貯めておき、やりたいコンテンツが出た時に集中してプレイするでも良いのかなと思っています。
ログインすら億劫というわけではなかったので、自身で設定した日課だけこなすといった目標でプレイしていました。
実装されてしまいましたが日課ではないところで、アーカルムまでに各ビー玉を少なくとも200個は確保するみたいな長期的な目標はいくつかありました。急いで揃える必要が無ければ、例えば毎月オベロン二本交換分を目安にマキュラをやる（グラブルが苦にならない程度に加減する）といった設定をし、オルオベ必要分だと集め始めは終りが見えないので、小さく月間の目標達成を目指すのも良いかもしれません。

私の場合はいくつか目標を立ててやっています。

①全十天衆の取得と最終開放
→半額時だけではなかなか素材を集めきれないので、なかなか苦労しています
②神石編成の強化
→神石編成は、神石取得前から片面でもできる編成を目指して取得していました

また、団を運営しているので、
③団員の育成
→団イベ時のモチベーション工場であったり、団員の状況把握であったりしています
また定期的に連戦イベントなどを企画準備しています。
④アルバハHLの団内討伐
→まだ団内討伐できていないため、攻略情報を整理したり、メンバーを募ったり、装備の相談をしたりしています

４凸レベルは光以外完成（火水土闇は神石、闇は完成、ほかはダマス待ち）していますが、やることがたくさんありすぎて困っているくらいです。

ご参考まで。

水が好きなので(神石ないですが)オルオベ集め+カトル、ウーノ解放を最大の目標にして毎日グラブルを楽しんでいます。
それまではマキュラは暇な時に入る程度でしたが、1ヶ月程前に「水マグナでもオルオベ並べたら野良アルバハいける」という動画を見てからモチベがかなり上がりました。ミュルグレス、ブルースフィアを持っているので将来的にはスノウホワイトをサプって、スノヴァルもやってみたいなと考えています。

属性神石をやろうと考えていれば、オルオベ落ちなくてもマキュラに使ったBPは無駄じゃない！と思えるのでモチベの継続になっていますねw

条件付きとは言え120石はサプれるので、片面神石編成を目指してみてはいかがでしょうか？

いざ引いたときを想定＆片面でも使えるって意味もあって神石編成の装備自体は集めるようにしてました
あとは十天周りですね。解放そのものが強い＆使ってて楽しいので意識してやってます
最近はアルティメットバハムートって道もあるので意外と目標は尽きてないです

少なくとも一旦はグラブルをやめるべきだとおもいます。
息抜きに楽しみながらプレイできているなら良いと思うのですが、嫌々やっているなら本当に害にしかならない無駄な行為です。
できればグラブルにかけている時間を使って心理学を少し勉強してみて欲しいのですが、ソーシャルゲームはギャンブルなどと同じく、人の行動心理を利用して、ユーザーをうまく操り、長時間のプレイや課金を要求するスタイルのコンテンツです。
そう言った点を分かった上で、こちらが楽しむ分には良いと思いますが、グラブルをしなければいけない、モチベーションを保たなければいけない、というような考えをするようになってしまうと危険信号だと思いますので、注意が必要だと思います。
少し話が変わりますが、仮に1日3時間程度グラブルをやっているなら、年間で約1100時間にもなります。
一年は時間に換算すると24×365=8760時間で、睡眠が毎日7時間と仮定すると7×365=2550時間。
8760-2550=5210時間なんらかの行動に使えるわけですが、その内の1100時間、活動できる1/5もの時間をグラブルに使っているわけです。
果たしてこれだけの時間を使ってまでグラブルをする必要が本当にあるのでしょうか？
一考してみる価値はあるのではないか思います。