シヴァとルシフェル三凸するならどっちでしょう？

確実にルシフェルですね。
ルシフェルは４凸目まであり、４凸でHP３０００回復が付いてきます。回復アビが使えないときにも普通にもかなり使えます。メイン石としても現状であれば光属性では一番使い勝手がいいです。メインで最終上限なら開幕から使えます。加護も強いです。さらに現状でだけですが、ゼウス編成が微妙なので、相対的にルシフェルの方がいいです。

かたやシヴァは３凸までの実装なので、３凸してもメインに入れる場合は開幕から召喚を使うことができません。召喚の加護は非常に強いですが、シヴァはフレで拾った方が開幕から召喚効果を使える手前、フレで拾う方が強いのが現状かと。もちろんシヴァシヴァ編成の最強までもっていけれてば強いですが、メインシヴァでフレをマグナやアグニスで拾う場合は確実にフレシヴァ、メインをマグナかアグニスにした方が強いです。現状だとアグニス編成も同様に強いので、シヴァと分かれそうですが、シヴァはフレで拾う方が強いです。

金剛が６つあれば、両方使うのはありかと思いますが、どっちからなら絶対ルシフェルの方がいいです。

ルシ３凸でストップならばシヴァを推しますが、４凸まで見越しているならばルシを推します。

シヴァ３凸するメリットは属性加護の強化と凸した分のステータスアップです。召喚効果に変化はありません。

ルシフェル４凸にする前提の場合、加護効果の強化、ステータスアップ、召喚効果回復の追加があります。召喚効果回復は実際かなり便利で、サブ石としてかなり優秀です。４凸時のステータスもかなり高く、ステータス目的の編成でもかなり役立ちます。ただし必要素材を集めるのは地味に面倒くさいので意識して集めないと時間はかかります。

僕個人としてはフレ石として有り難いのはシヴァですが、大事なのは自分にとっての恩恵だと考えます。一番自分のメリットになりそうな石を選択するのがベスト。メインだけでなくサブ運用での恩恵も考えたほうがいいと思います。

火と光のどちらを強化したいかによるので、何とも言えないかと...
両方とも良い召喚石なので、最終的には凸することになると思います。金剛晶が無駄になることはないので、あまり気にせず凸してもいいと思います。

フレ石はシヴァの方が好まれるかもしれないですが、どちらも強力な石なので、わざわざ他人の都合に合わせる必要はないかとないかと思いますよ。

シヴァにした場合→アグニス持ちのフレ申請が来やすい通りやすい
ルシフェルにした場合→マグナ持ちのフレ申請が来やすい通りやすい
になるかと。
だいたい上級者と呼ばれる方なら神石数個持ってると思われるのでそーゆー面からシヴァに1票です。

個人的にはシヴァかなと思います。
光と火の他の属性石を考えて何が借りられるか考えると、ルシフェルは倍率が高いのでありがたいですが、アポロンもマウントが有用なのでクエストやセルエルの有無でどちらを借りるか変わると思います。
火ではシヴァの他にアテナがいますが、アテナはアポロンと比べ自前で用意している人が多いと思いますし、またシヴァの召喚効果は代用も効かないので、基本シヴァが優先して使われるかなと思います。
属性攻撃力の倍率差もシヴァとアテナ、ルシフェルとアポロンではシヴァアテナの方が大きいですし