グランブルーファンタジーの回答詳細

滅茶苦茶雑にに火力計算式を書くと

基本攻撃力
×
武器スキル
×
召喚石の加護

ってな感じになります。
基本攻撃力ってのはキャラ、武器、召喚石の攻撃力合計値の事で、装備編成の主人公の隣や編成キャラの下の数値を指します。

武器スキルというのは武器についてる〇〇の攻刃とか方陣攻刃とかついてるそれです。
(渾身とか背水とかその他は今回は割愛)

召喚石の加護はメインやフレンドに設定する事で効果を発揮するもので、武器スキルの効果を伸ばしたり、特定のバフ扱いで火力を伸ばしたりします。

今回、属性×属性がマグナ×属性より強いという話ですが、理由は簡単でマグナ加護で伸びるスキルの数値が低い(武器のスキラゲ不足)のが原因です。

例えばですが、方陣武器10本slv1(大、6%)を敷き詰めてマグナ(3凸相当の方陣スキルの倍率×100%)×属性(150%)にすると

60×2=120%
2.2×2.5=5.5

自前の分が属性(100%)だと

1.6×3.5=5.6

となり、自前で属性を用意した方が火力が上回ることが分かります。

一方で、この方陣武器を全てslv5(大、11%)にしてみると…

110×2=220%
3.2×2.5=8

同様に属性だと

2.1×3.5=7.35

ここまで変わります。
今回は極端な例として出しましたが普通は方陣武器10本なんて暴挙には出ません。
ただ、火力が伸びる仕組みは見えてきたのではないでしょうか。
オススメはこれを踏まえた上でもう一度武器編成テンプレを眺める事です。
きっと見え方が違いますヨ。