金剛晶はどれに使えばいいのですか？

３凸出来ないなら３凸出来る状態にしてから使うのが無難だと思われます

装備の揃い具合で凸るのを決めるべきかと。

ハデス編成の揃い具合次第ですが、私個人の意見はバハムート≧ハデス>シヴァ>カグヤかと思います

基本は３凸できる状態になるまでは金剛は使わないです。
３凸にならないと加護効果が上がらないからです。

ハデス
→非常にハードルの高い石です
　具体的には、グラシ複数本４凸にしないと十分な火力がでません
　そのかわり、グラシを並べた水ゾ背水パは凶悪なくらい強いですが、、、

バハ・シヴァ
→ハデスと違いわかりやすく強い石です
　かえって、３凸しても少し強くなる程度の印象です
　個人的には後回しにしてもいいのではないかと思います。。。

カグヤ
→泥率アップの加護は魅力的ですが、上記３石より優先度は格段に劣ります
　メイン石がそろってからでいいのではないでしょうか。

現状ですとハデスが一番可能性を秘めていますが、凸らせるのは当分先にしたほうがいいかと思います。（グラシ数本４凸する決心がついたら、その場合当分サプはグラシ交換・ダマス使うのもグラシになります）
次回団イベまでに、比較的ハードルの低く強い石（ヴァルナ・アグニス等）がでたらそちらを優先にできますし。。。
ハデスマンになる決心がつかず、ハードルの低い石が出ない場合は、３凸にできるようになってから、バハかシヴァを凸らせるのでも構わないと思います。

ご参考まで。