グランブルーファンタジーの回答詳細

ofrero Lv500

ダメージ上限値固定は実際にHPに与えるダメージに対する制限であり、バリアについては制限しません。
そのため、大いなる破局（闇ダメ999999）はバリアを貫通するだけのダメージを与えた後残りをHPに割り振りますが、その際にダメージを5000に抑えるべリアルの加護効果が発揮され、最終的にダメージが5000になるという訳です。
しかし最終オーキスのサポアビ（光ダメージを3500に抑制）だけは例外としてバリアに対するダメージも制限します。
何故バリアに対する処理を全て同じにしないのかがあらゆる意味で理解出来ませんが、現状はこういうものだと納得してもらうほかありませんね…。

・まとめ
オーキスの被ダメ抑制効果→バリアにダメージ割り振り→その他のダメージ抑制効果→残りをHPにダメージ割り振り