SSR武器が被ってしまいました

私ならしばらく2本同時運用します。
初期であれば攻刃武器として6%×２を得るために使います。
1本外せるようになったら1本は倉庫にしまいます。
理想編成としての通常攻刃枠に他の有用な武器を入手したら使う場所はメイン武器だけになると思います。その時は無凸で使います。
そしてメイン楽器としては他に朱雀の琴・九界琴があります。
最終的にエリュシオンで戦いたい時には今だとザルハメリナを利用して朱雀のHPスリップを使った背水UPを狙うか九界琴を使い全体回復や弱体成功率UPを狙うかで武器を選ぶようになると思います。

エレメントが必要になったら必要な分を確保するためにエレメント化します。ガチャSSR武器は1本につき200個＋αが得られます。
α分は1本毎に決まっていて「属性強化スキル」が影響します。
凸っているとα部分は1本扱いになりますが1本ずつエレメント化すれば2本分得られます。α部分は最大+10です。
非ガチャだとSSR1本で20個＋1個です。α部分にあたるのはこの1個で固定です。

より多くのエレメントを獲得するためには無暗な凸は避ける方が良いと思います。

最序盤なら同時運用も良いのかも、バハ武器とか手に入れたら重ねてメインに使う、琴は手に入りづらいのでつなぎとして結構使える

上弦開放はしたところでたいしてステータスは上がりません。なので、２つ同時に並べて運用するでいいと思います。最終編成からは現状だと必ず抜けるので、強い武器がきたらその都度差し替えればいいです。

売るのとスキルやレベル上げの餌にするのだけはもったいないので、倉庫かリスト内で保護しておくといいと思います。もったいない理由は進めていくうちにいずれわかるので、よくわからなかったら全て保管で間違いないです。

重ねていいですよ。
エレメント化の際の総量変わりませんし、4凸実装されても主人公にのみなんたら、って効果で使う場面限られると思いますし。
何より数集まらないんでいずれ編成から抜けますし、倉庫にぶち込んでおいても良いです。

メビウスかぶり、おめでとうございます

メビウスは火の楽器武器です。
楽器の武器は、ハーピスト系ジョブのメイン武器として重宝します。
（短剣より楽器のほうが各アビリティの効果量が大きいため）
そのため、他の有用な火の楽器が入手できるまではメイン武器として非常に有用です。（実際、メビウスを使用しているきくうし様は多いです）

しかし、有用とはいえ、複数所持する意味合いはあまりありません。
上限解放しやすい、イベント産やマグナ産の三凸攻刃SSRのほうが攻撃力が高いからです。
ガチャ産とはいえ、2つ目以降は、編成からはずれてきます。
また、通常攻刃枠は、将来的にはかなり絞られます。（アグニスで運用する場合は別ですが。。。）

そういうこともあり、上限解放をしてステータスをあげて運用するほうが適度です。